Феодосийского Музея Древностей был основан 13 (25) мая 1811 года по инициативе Семена Михайловича Броневского, занимавшего в то время пост градоначальника.

В 1828 году феодосийское музейное собрание считалось, наравне с одесским, николаевским и эрмитажным, одним из самых значительных в России.

Фонды Феодосийского музея вначале комплектовались из случайных поступлений, а впоследствии — в основном из предметов, полученных в результате целенаправленных сборов.

Материалы Феодосийского музея широко использовались, наряду с другими источниками, в трудах видных отечественных историков и краеведов.

В литературе о Феодосии выделяются три монографии. Первая — «История генуэзских поселений в Крыму» Николая Николаевича Мурзакевича — издана в Одессе в 1837 году. Полувеком спустя увидела свет книга Василия Ксенофонтовича Виноградова «Феодосия (Исторический очерк)», выдержавшая три издания (Феодосия, 1884, 1915; Екатеринодар, 1902). Следующее капитальное исследование прошлого города было представлено Эрнестом Романовичем Штерном в книге «Феодосия и ее керамика», выпущенной в Одессе в 1906 году.

Эти ученые являлись членами Императорского Одесского Общества Истории и Древностей, созданного в 1839 году с целью изучения южных территорий России. Одесское общество проявляло живой интерес к Феодосии, заказывая чертежи старых строений, рисунки найденных здесь предметов, копии текстов строительных надписей. Полученная таким образом информация публиковалась в Записках ООИД, которые регулярно выходили из печати, начиная с 1844 года.

Айвазовский всерьез интересовался археологией. В 1853 г. он официально обратился с письмом-заявкой в Министерство уделов за разрешением начать в Феодосии археологические раскопки. Получив разрешение, Айвазовский вместе с археологом Сибирским приступил к работе. Раскопки первых четырех курганов не дали результатов, а вот пятый курган на мысе Ильи поразил исследователей своими находками. Они открыли женское погребение IV века до н. э, как писал сам художник, «золотая женская головка, самой изящной работы, и несколько золотых украшений, а также куски прекрасной этрусской вазы. Эта находка дает надежду, что древняя Феодосия была на этом же месте. Я в восхищении от Феодосии!» Айвазовский отправил драгоценные находки в Петербург, и ныне они находятся в коллекции Государственного Эрмитажа.

Всего же в течение лета 1853 года Айвазовский раскопал 80 курганов.

Особенно заметно коллекция музея начала пополняться при Евгении Францевиче де-Вильневе, который заведовал этим учреждением с 1850-го до середины 1860-х годов. Де-Вильнев являлся инициатором и участником первых археологических раскопок эллинского некрополя. Археологические исследования городских территорий начались позднее. Они выполнялись, главным образом, при земляных работах на Карантинном холме в 1892—1894 годах во время строительства морского порта под руководством Александра Львовича Бертье-Делагарда.

В 1871 году на средства, полученные от выставки своих картин в Петербурге, Айвазовский построил на холме Митридат здание для Музея древностей (до этого коллекция музея размещалась в небольшой турецкой мечети).

Позднее (1887) в Крыму была учреждена Таврическая Ученая Архивная Комиссия, ставившая перед собой задачу охраны древностей, сбор археографических и иных памятников, отражающих историю губернии. Комиссия систематически выпускала Известия ТУАК. Это издание прославилось серией блестящих статей Людовика Петровича Колли, посвященных Каффе и до сих пор не потерявших значения для науки.

С именем Айвазовского связана и судьба музея в ХХ веке. В 1925 году его перевели в бывший дом художника (где музей размещался до 1988-го), соединив с картинной галереей в одно учреждение.

В здании на холме Митридат в 1930-х находилась сейсмическая станция, а во время войны оно было разрушено — предположительно, от попадания корабельного снаряда.

Новый этап в изучении Феодосии открылся с началом археологических раскопок на Карантине, предпринятых И.Б. Зеест (1949—1951 гг.), затем — Б.Г. Петерсом (1975—1977 гг.) и продолженных Е.А. Айбабиной с 1980-х, а также исследований на прилегающих к Феодосии сельских территориях, осуществленных И.Т. Крутиковой и В.Н. Корпусовой в 1950-х и 1960-х годах. Обширные материалы о прошлом города также были собраны и в итоге регулярных разведок в пределах его окрестностей, проводившихся Феодосийским краеведческим музеем в течение двух последних десятилетий

Каменный столб на горе Митридата - это все что осталось от музея древностей и часовни - мавзолея для героев русско-персидской войны 1804 – 1813 Котляревского Петра Степановича и его друга, соратника и родственника Шультена Осипа Ивановича куда их так и не перезахоронили. Когда-то эти столбы стояли у входа в музей древностей чуть по одаль, от античных львов на территории лапидария, эту пару столбов в музей привез маринист и зачинатель часовни - музея Иван Константинович Айвазовский из Прикубанья, также как и многие другие экспонаты для музея из своих многих поездок по свету и Крыму.

В 1925 году музей был перенесен в здание картинной галереи Айвазовского, бывший его дом.

В здании музея – часовни на Митридате стала размещаться сейсмическая станция, которую в 1941 году наши минеры взорвали, так как она начала служить удобным ориентиром для фашистских бомбардировщиков, которые как раз над ней разворачивались и летели бомбить порт.

Так закончилась 70 летние история музея – часовни которая началась с того что на деньги, собранные от выставки картин, Айвазовский решил построить памятник-часовню генералу Петру Котляревскому. Существенный вклад внес также новый хозяин усадьбы «Добрый приют» Котляревского, Константина Васильевича Рукавишникова известный меценат и в будущем Московский голова. (В 1882 году на средства Рукавишникова, после того как он понял что прах не перенесут им был сооружен над могилами Котляревского и Шультена красивый памятник-часовня за собственные средства). Вторую часть здания было решено приспособить под музей древностей. После длительной переписки и всевозможных прошений, Айвазовский получил добро и царское благословение. По наброскам художника архитектор Александр Иванович Резанов сделал проект и пятого июля 1870 года Феодосия была свидетельницею торжества, по поведу закладки часовни в память одного из храбрейших героев Кавказа, генерала от инфантерии Петра Степановича Котляревского. Сначала была отслужена литургия в феодосийском Александра - Невском соборе, после которой процессия крестного хода двинулся из собора к месту предполагаемой часовни, при участии всего феодосийского духовенства. Против армянской церкви, лежавшей на пути шествия, армяно-григорианское духовенство Феодосии встретило крестный ход и присоединилось к шествию. По прибытии на место закладки, украшенное зеленью и разноцветными флагами, владыка совершил освящение воды и затем, подойдя к восточному углу будущего здания, прочитал молитву и, с окроплением святой воды, положил в основание его первый краеугольный камень, в который помещена была памятная надпись. Надпись эта была напечатана на пергаменте и положена между двумя толстыми стеклами, герметически спаянными оловом, и все это помещено в предназначавшийся для этого камень. Вместе с надписью в камень положили довольно много серебряных монет, чеканки 1870 года. По возложении камня, его преосвященство обратился к присутствующим с речью о достоинствах и многих заслугах перед родиной Петра Котляревского. По возглашению многолетия Государю Императору и всему царствующему дому, святейшему синоду и преосвященному Гурию, его преосвященство сказал вечной памяти приснопамятному рабу Божьему Петру и его храбрым сподвижникам, после чего крестный ход возвратился в собор. В три часа пополудни, преосвященный Гурий, со старшим духовенством, начальник губернии и почетные особы города, в числе шестидесяти человек, собрались в прекрасном доме И.К. Айвазовского, на берегу моря, где, в роскошной столовой, украшенной картинами мариниста-хозяина, быль сервирован обеденный стол. Чтобы воскресить в памяти своих гостей, знавших почившего Котляревского, светлые черты его жизни и познакомить с ними тех, кому не суждено было знать его живым, предусмотрительный хозяин распорядился положить на каждом приборе биографический очерк генерала Котляревского, составленный госпожою Соханской. Жизнь Котляревского была героической и уникальной. Отечественная война 1812 года, отодвинула на задний план все другие сражения и победы российских войск. Чувствуя это генерал Котляревский, под конец своей жизни писал: «Кровь русская, пролитая в Азии, на берегах Аракса и Каспия, не менее драгоценна, чем пролитая в Европе на берегах Москвы и Сены, а пули галлов и персиян причиняют одинаковые страдания». Хотя на протяжении второй половине XIX века во всех энциклопедиях ему посвящали большие статьи, и называли «генерал-метеор» и «кавказский Суворов» но генерала Котляревского уже настало. Сейчас о Котляревском немного пишут, часовни нет а могила двух героев закатана асфальтом в Феодосии.